学科概况
  我院是我国最早按照现代农业科技创新组织架构、根据学科设置创新功能单位的科研机构。建院80余年以来,我院内设学科随着经济社会的发展几经调整,为不同时期江苏乃至全国农业生产和农村经济发展做出了突出贡献,为实现我院科技创新事业持续发展发挥了重要作用。为了更好整合资源、集中力量解决现代农业重大关键技术问题和快速推进重大成果产出,2015年,我院全面推进学科建设工作,围绕目标设定和方向凝练,重点部署,强化内涵,开展学科梳理论证,制定“十三五”学科建设规划。
学科建设内容:
  瞄准科学前沿和现代农业发展的重大问题,围绕产业需求、明确学科发展重点,优化学科布局,通过培育学科优势和特色,构建具有区域特征、江苏特点、自身特色的学科体系。强化学科内涵建设,统筹资源,提升学科建设能力水平,通过重点学科建设示范带动,全面提升我院学科建设能力和水平。
学科建设目标:
  至2020年,全院重点建设4-5个与江苏重要农业主导产业发展相匹配的学科群,重点打造6-8个国内一流、国际知名的特色优势学科,重点培育3-4个国际有影响、国内有地位的新兴交叉学科。力争通过5-8年努力,使我院若干学科成为国内乃至国际上具有重要影响的学术高地,成为我院重大标志性成果的产出重地。
学科建设体系: 
  包括重点学科建设培育、“小而特”学科建设培育以及农区所“一所一特色”学科建设。重点学科分两期建设,首期确定11个学科为院“十三五”重点建设学科,13个学科为预培育学科。11个重点学科中包括小麦、水稻2个学科群,包括油菜遗传育种、桃、植物病毒学、动物支原体学、面源污染治理与水体修复、农产品安全、甘薯等7个特色优势学科,包括动物疫苗工程、现代农业设施与装备2个新兴交叉学科。